Masjid ini didirikan pada tahun 2009 yang diprakarsai oleh Drs. H. Daeng Rusnadi, M.Si selaku Bupati Kabupaten Natuna pada saat itu. Masjid ini berada di Jl. Datuk Kaya Wan Muhd, Benteng Ranai, Bunguran Timur, Kabupatem Natuna, Kepulauan Riau. Masjid Agung Natuna memiliki Jumlah Pegurus 20 orang, Jumlah Imam 4 orang, Jumlah Khatib 4 orang, dan Jumlah Muazin 3 orang.
Masjid yang berdiri pada tahun 2009 ini memiliki Luas Tanah 5.500 m2, Luas Bangunan 4.000 m2, dengan Status Tanah, Wakaf. Dan memiliki Daya Tampung 5.000 Jamaah.